Desde 1628 salía el Santísimo "no con la decencia y el respeto que es justo", sólo con el viril, por haber sido robada la custodia procesional; situación que se mantendría hasta 1645, cuando los munícipes aprobaron la hechura de una nueva "de plata muy lucida", con cargo al presupuesto del año siguiente y con una solicitud de ayuda al cabildo catedralicio. Tal obra se llevó a cabo, no sin problemas económicos, en los años siguientes. Sin embargo, quedó destruida durante el incendio de la sacristía de la Catedral, ocurrido el 23 de Agosto de 1691. 

La Custodia procesional de la Catedral de Baeza, muy bien instalada al lado de la subida a la torre, constituye la más preciosa joya artesana de la ciudad. Vino a sustituir a la destruida en el incendio de la sacristía de la Catedral en 1691.

La obra fue ejecutada por el maestro platero de Antequera Gaspar Núñez de Castro, colaborando su hermano Jerónimo y el también antequerano Gaspar Correa, siendo costeada casi en su totalidad por el canónigo baezano D. Diego de Cozar Serrano. Comenzada en 1700, se entregó concluida en 1714. Los diez primeros años se hizo el trabajo en Antequera y los cuatro restantes en Baeza. Es de plata, salvo algunas partes que son de cobre dorado. Obra de empeño, de tipo turriforme, que combina los diseños de Juan de Arfe con un grácil barroquismo y cuya monumentalidad dio renovado esplendor a la procesión del corpus. 

En 1714 se estrenó la actual custodia procesional. El nuevo recorrido quedó así fijado: Calle Compañía, Plaza de la Leña, San Pablo, Calancha Baja (calle ancha), Puerta de Úbeda, Sacramento y Catedral, se ha mantenido desde entonces este itinerario sin cambios que eliminaba la longitud y las empinadas cuestas del anterior, con nuevas paradas fijas, siendo la primera en las Casas Consistoriales, para realizar cánticos y oraciones en alabanza del Santísimo.

El montante del artífice se elevó a algo más de 10.745 onzas (unos 200 kilos). Mide 2,20 m. de altura y su estilo es acusadamente barroco. Consta de tres cuerpos con base circular, sustentados cada uno por doce pares de columnas de prolija decoración, siendo salomónicas las interiores y de capitel corintio las externas.

En el primer cuerpo, sobre las columnas corintias corre un entablamento, las salomónicas sostienen arcos de medio punto, encima medallones o cartelas que representan al Cordero de Dios, al Padre Eterno y a los cuatro Evangelistas. Los recuadros de las caras cóncavas de sus pedestales están ocupados por acusados relieves con escenas de pasajes bíblicos del Antiguo y Nuevo Testamento. La cornisa de te cuerpo está coronada por una balaustrada con doce pedestales cúbicos, adornado de querubines, que sostienen a los doce apóstoles. El interior alberga una bella imagen de la Inmaculada, sobre la que penden unas campanitas.

El segundo cuerpo es de planta similar al anterior. En el basamento, representaciones del Cordero alternan con unos sencillos relieves, los cuales simbolizan el Miedo, el Destino, el Matrimonio, el Ocio y el Dolor. En la balaustrada se situan doce ángeles en movimiento. El interior encierra un viril de sol para albergar la Sagrada Forma.

En el tercer cuerpo, que sigue la misma disposición anterior de las columnas, la balaustrada se corona con parejas de jarrones. Dentro, la imagen de San Miguel.

Se remata con una cúpula calada y gallonada, de perfil apuntado, en cuyo vértice aparece la estatua de la Fe con estandarte en una mano y cáliz con hostia en la otra. 

El cincelado es tan minucioso que hay que observarlo tanto en su exterior como en los finos detalles de su interior. Con sus setenta y dos columnas, ricos entablamentos, los treinta y seis relieves con escenas del Antiguo y Nuevo Testamento en los basamentos, los doce apóstoles, veinticuatro ángeles, seis querubines, veintisiete campanillas, dieciocho jarroncillos, la imagen de la Inmaculada en el primer cuerpo, el viril en el segundo, San Miguel en el tercero y la imagen de la Fe coronándolo todo, hacen de esta custodia un ejemplar digno de figurar entre las mejores de España.